Dank den unterschiedlichen Tiefen- und Strömungsverhältnissen bietet der Klingnauer Stausee vielen Fischarten Lebensraum. In den Flachwasserzonen halten sich Wildkarpfen (Cyprinus carpio) und Brachsmen (Abramis brama) auf, während dem Bachforellen (Salmo trutta) und Äschen (Thymallus thymallus) im frischeren Wasser des Aare-Hauptlaufes zu finden sind. In den Binnenkanälen kann in seltenen Fällen auch mal eine Nase (Chondrostema nasus) entdeckt werden.
Bei der Fischfauna ist seit Jahren in ganz Europa und auch der Schweiz ein Rückgang zu verzeichnen. Dafür verantwortlich ist in erster Linie der Verlust an naturnahen, miteinander verbundenen Gewässern. Im Rahmen des Auenschutzparks Aargau unternimmt der Kanton Aargau grosse Anstrengungen um dieser Entwicklung entgegen zu wirken. So wird beispielsweise im Auengebiet Giriz ein rund 600m langer komplet verlandeter Aarealtarm revitalisiert, so dass wieder eine Verbindung zur Aare entsteht. Für Fische sind solche Altläufe und Seitengewässer als Wintereinstand und Rückzugsgebiete bei Hochwasser von grosser Bedeutung.
In den Gewässern rund am Klingnauer Stausee sind die folgenden 27 Arten nachgewiesen:
Der Klingnauer Stausee wird von der Pachtvereinigung Unteres Aaretal gepachtet.
Artangaben stammen aus Arter et al. Aargauische Naturforschende Gesellschaft, Band 32 (1989) und Jagd und Fischerei Kanton Aargau (Briefl. 2000).
